Olá, não consigo configurar o meu PhpStorm IDE para trabalhar com ficheiros Script Java numa consola. Não sei porque é que NÃO está a aparecer! Talvez por ser o PhpStorm e não o WebStorm, que presumo não ter problemas com a consola e os ficheiros js...
Sempre que tento depurar o ficheiro JavaScript no projeto, só me dá uma opção - vê-lo no navegador Web e depurar o ficheiro HTML - e não o próprio ficheiro js!
Tive o mesmo problema com o php storm. Eis como o resolvi:
1. Primeiro, será necessário instalar o NodeJS para trabalhar corretamente com arquivos js no PHP storm; Faça o download e instale-o no seu PC a partir daqui: https://nodejs.org/en/
2. (OPCIONAL) Terá de verificar a versão do node js no cmd, escrevendo nó -v ele mostrará a versão ltest do NODE JS
3. Configurar o PHP storm IDE para funcionar corretamente com o NodeJS:
- Criar um novo ficheiro JavaScript para escrever o seu código (PARA O TESTAR)
- Ao começar a escrever o nosso código, pode ver que a declaração "let" está marcada como incorrecta - isto acontece porque não configurou o nível de linguagem do nosso projeto para EcmaScript 6 (EcmaScript 6 é a razão pela qual precisa de NODE JS (e não só) para o phpstrom)
- Configure as Definições Predefinidas para o PHPbstorm, para que todos os projectos comecem com elas por predefinição. Vá em >> Default Settings >> Languages & Frameworks >> JavaScript e escolha a versão da linguagem JavaScript para ECMAScript 6 >> Selecione Prefer Strict mode (VEJA A IMAGEM ABAIXO!)

- Poderá ser necessário repetir este processo também para as Definições actuais
- Se quiser testar o nosso código localmente com o Node (a consola de que estamos a falar), tem de adicionar uma linha extra para chamar o function que acabou de escrever com alguns exemplos de entrada e, em seguida, escolher Executar no menu do botão direito do rato.
4. Veja o vídeo abaixo para ver claramente como se faz. Está numa língua estrangeira - mas pode silenciar o vídeo e ver apenas os primeiros 70-80 segundos:
